Trong cuộc bầu cử tổng thống Slovakia năm 2019, bà đã tranh cử cho đảng Tiến bộ cùng với đảng SaS và SPOLU.[4][5] Sau khi nhà khoa học Róbert Mistrík không tiếp tục tranh cử vào cuối tháng 2 năm 2019 và đề nghị bầu cho cô, cô được coi là người có nhiều triển vọng nhất.[6][7] Cô giành được trong vòng đầu tiên vào ngày 16.tháng 3 năm 2019 với 40,6% số phiếu bầu, Ủy viên EU Maroš Šefčovič về nhì. Cả hai tranh vòng nhì vào ngày 30. Tháng 3 năm 2019.[8][9][10][11] Čaputová đã đánh bại Šefčovič với tỉ số 58-42%.[12]

Tuyên bố

Čaputová tuyên bố sau khi đắc cử: ""Chúng ta từng nghĩ rằng đạo đức chính trị là dấu hiệu của một sự nhu nhược, nhưng giờ đây thì chúng ta thấy rằng đấy chính là sức mạnh. Cưỡng lại trào lưu dân túy là điều hòa toàn có thể và chúng ta có thể làm được điều đó mà không cần đến những lời lẽ hung hăng hay những đòn hiểm và thô bỉ".[13]